EC 3.1.-（エステル加水分解酵素）
EC 3.1.1.-（カルボン酸エステル加水分解酵素）ホスホリパーゼA、アセチルコリンエステラーゼ
EC 3.1.2.-（3価のアルコールのエステル加水分解酵素）さまざまなCoA化合物に対する加水分解反応
EC 3.1.3.-（1価のリン酸エステル加水分解酵素）アルカリホスファターゼ、ヌクレオチダーゼ、糖新生経路
EC 3.1.4.-（リン酸ジエステル加水分解酵素）ホスホリパーゼC、環状ヌクレオチドホスホジエステラーゼ
EC 3.1.5.-（三リン酸モノエステル加水分解酵素）
EC 3.1.6.-（硫酸エステル加水分解酵素）スルファターゼ
EC 3.1.7.-（二リン酸モノエステル加水分解酵素）
EC 3.1.8.-（リン酸トリエステル加水分解酵素）
EC 3.1.11.-（5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ）
EC 3.1.13.-（5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ）
EC 3.1.14.-（3'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ）
EC 3.1.15.-（リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-リン酸モノエステル産生エキソヌクレアーゼ）
EC 3.1.16.-（リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、3'-リン酸モノエステル産生エキソヌクレアーゼ）
EC 3.1.21.-（5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ）制限酵素
EC 3.1.22.-（3'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ）
EC 3.1.23.-（欠番）
EC 3.1.21.3, EC 3.1.21.4 あるいは EC 3.1.21.5へ統合
EC 3.1.24.-（欠番）
EC 3.1.21.3, EC 3.1.21.4 あるいは EC 3.1.21.5へ統合
EC 3.1.25.-（サイト特異性を有する代替塩基特異性エンドデオキシリボヌクレアーゼ）
EC 3.1.26.-（5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ）
EC 3.1.27.-（3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ）
EC 3.1.30.-（リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ）
EC 3.1.31.-（リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ）
EC 3.2.-.（糖加水分解酵素）
EC 3.2.1.-.（配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素）アミラーゼ、グルコシダーゼ、ガラクトシダーゼ、ラクターゼ
EC 3.2.2.-（N-グリコシル化合物加水分解酵素）
EC 3.2.3.-（S-グリコシル化合物加水分解酵素）
EC 3.4.-.（ペプチド結合加水分解酵素）
EC 3.4.1.-（α-アミノアシルペプチド加水分解酵素）（廃止）
EC 3.4.2.-（ペプチド性アミノ酸加水分解酵素）（廃止）
EC 3.4.3.-（ジペプチド加水分解酵素）（廃止）
EC 3.4.4.-（ペプチド性ペプチド加水分解酵素）（廃止）
EC 3.4.11.-（アミノペプチターゼ）
EC 3.4.12.-（ペプチド性アミノ酸加水分解酵素ないしはアシルアミノ酸加水分解酵素）
EC 3.4.13.-（ジペプチターゼ）
EC 3.4.14.-（ジペプチジルペプチターゼ・トリペプチジルペプチターゼ）
EC 3.4.15.-（ペプチジルジペプチターゼ）
EC 3.4.16.-（セリン性カルボキシペプチターゼ）
EC 3.4.17.-.（金属プロテアーゼ）
EC 3.4.18.-（システイン性カルボキシペプチターゼ）
EC 3.4.19.-（オメガペプチターゼ）
EC 3.4.21.-（セリンエンドペプチターゼ）トリプシン、トロンビン、凝固因子、補体
EC 3.4.22.-.（システインプロテアーゼ）カテプシン、カスパーゼ
EC 3.4.23.-.（アスパラギン酸プロテアーゼ）
EC 3.4.24.-（その他のペプチターゼ）
EC 3.4.25.-（スレオニンエンドペプチターゼ）
EC 3.4.99.-（触媒機構不明のエンドペプチターゼ）
EC 3.5.-.（ペプチド以外のCN結合加水分解酵素）
EC 3.5.1.-（鎖状アミドに作用）グルタミナーゼ、アスパラギナーゼ
EC 3.5.2.--（環状アミドに作用）βラクタマーゼ
EC 3.5.3.-（鎖状アミジンに作用）アルギナーゼ
EC 3.5.4.-（環状アミジンに作用）アデノシンデアミナーゼ
EC 3.5.5.-（ニトリルに作用）
EC 3.5.99.-（その他の化合物に作用）
EC 3.6.-（酸無水物に作用）
EC 3.6.1.-（リン含有酸無水物に作用）
EC 3.6.2.-（スルホニル含有酸無水物に作用）
EC 3.6.3.-（酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する）
EC 3.6.4.-（酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与）能動輸送のポンプ
EC 3.6.5.-（GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与）３量体Gタンパク質αサブユニット
EC 3.7.-（炭素-炭素結合に作用）
EC 3.7.1.-（ケトン類に作用）
EC 3.8.-（ハロゲン結合に作用）
EC 3.8.1.-（C-ハロゲン化合物に作用）
EC 3.8.2.-（P-ハロゲン化合物に作用）
